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关于微生物论文范文资料,与人工湿地(SEEP)中重要微生物基因的分布相关论文发表
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5;分混合.之后,再次重复,挖出更深层的土壤.通过土壤颜色就很容易区分矿质土壤和有机土壤.有机土壤的颜色深,但是矿质土壤的颜色十分浅.我们只需要有机土壤.我们有11个区域.我们从每个区域收集了3份土壤样品,我们贴上了X-1、X-2和X-3标签（例如T-1,我们有T1-1、T1-2和T1-3）,而DM1,我们只收集了一份样品.对于深度,每个核心由于其所含的有机物质量不同而有很大的差异,我们从T1-3中收集了2个深度范围.一个是0～2cm,另一个是2～16cm.但是对于T2-3,我们所收集的范围是0～2cm和2～7cm.收集样品之后,我们将其储存在了-80℃的冷冻箱中.除非深度在0～2cm,否则收集不到矿质土壤.（我们有了有机质深度的数据,在0～2cm深度范围,这些有机质样品有一些矿质土壤）
在进行DNA提取之前,第一步是在研钵中将液氮用槌磨碎,磨得越碎越好.然后将土壤样品变成粉末.
4.2DNA提取
使用PowerSoilDNAIsolationKit进行DNA提取.附件A中列出了更加详细的信息.
下列步骤是通过凝胶电泳检查结果.对于这个过程,我先制作了一瓶凝胶.凝胶的配方如下：
（1）找到一个合适的瓶子.
（2）称3g琼脂糖凝胶.
（3）将所称的琼脂糖凝胶添加到瓶子中.
（4）添加200mLTAE（0.5倍）.
（5）加热,直到所有固体溶化.
（6）添加2.5μL/200mL溴化乙锭.
然后,我需要等凝胶冷却,准备运行电泳.等到凝胶变得有一点热的时候,将凝胶倒入容器中并添加0.5倍TAE缓冲.将电泳机器调整到120V并运行20min.之后,我将凝胶取出,放到紫外光下进行曝光,然后查看结果.
4.3聚合酵素链锁反应
聚合酶链反应扩大我所需要的基因.附件B中列出了聚合酶链反应试验计划的详细内容.为了证实不是由于含有目标DNA的缓冲池或试剂导致扩大,需要一份阴性PCR对照样品.阴性对照仅包括自分解水、引子和Gotaqs（使用水取代DNA）.
同时,还需要进行阳性对照.以下是进行标准阳性对照的步骤（只选了dsrB基因作为例子）.
（1）从Elise（我们实验室的一名博士研究生）处获得LBKAN盘,加热到37℃.
（2）使用活化环从Elise的4盘中记录dsrB克隆数76.
（3）将克隆品放到LBKAN盘上,并使用曲棍使其散开.（LBKAN是含有抗菌卡那霉素的培养基,将1mL备用卡那霉素添加到1L热压处理过的LB琼脂中而得到）.
（4）放在37℃环境中培养2d.
（5）取出Elise的LBKAN液体培养基,取出500μL液体培养基,用移液器吸到盘子上,将生物质擦除,让他们悬浮在500μL液体培养基中
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（6）至于下列步骤,请参见QIAprepSpinMiniPrepKit（目录册#27104）.
最后一步是为了检查标准dsrB基因的浓度.城市径流水从T1流向DM1,从未处理的水变成干净淡水.T2是另一个处理受污染水的区划,但是有一个截水沟阻止了水从T2流向DM1.但是,边缘很少涉及到这个系统.市径流水从T1流向DM1,从未处理的水变成干净淡水.T2是另一个处理受污染水的区划,但是有一个截水沟阻止了水从T2流向DM1.但是,边缘很少涉及到这个系统.城市径流水从T1流向DM1,从未处理的水变成干净淡水.T2是另一个处理受污染水的区划,但是有一个截水沟阻止了水从T2流向DM1.但是,边缘很少涉及到这个系统.城市径流水从T1流向DM1,从未处理的水变成干净淡水.T2是另一个处理受污染水的区划,但是有一个截水沟阻止了水从T2流向DM1.但是,边缘很少涉及到这个系统.城市径流水从T1流向DM1,从未处理的水变成干净淡水.T2是另一个处理受污染水的区划,但是有一个截水沟阻止了水从T2流向DM1.但是,边缘很少涉及到这个系统.5结语
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采样可能存在一些问题.从结果来看,对于每个基因聚合酶链反应过程,每个区划的3个复制品的环境应该几乎一样.但很明显,情况并不是这样.我从Elise处得知,一些样品不是从潮湿土壤中获得的.由于是自然系统,这当然可以理解.在单个位置,不同的采样位置之间也是各不相同的.这种变量并不意外.因此,我选择计算平均值,取得更好、更合理的结果.
至于DNA提取产物,我们可以发现,我是从所有区划中获得DNA的,因此我可以继续下列聚合酶链反应过程.在他们所包含的有机物中他们的浓度各不相同.我仅对需要进一步试验的区划的几个DNA运行了电泳.DNA的数量能够反映出有多少有机物.即使对于相同深度,即0～2cm,我们发现他们的有机物丰度也是不同的.由于有氧环境的消费率比厌氧环境的消费率高,因此厌氧环境DNA平均质量高于有氧环境DNA平均质量.他们可以被完全氧化,但是却无法积累足够的有机物.我只在dsrB基因中遇到了一些污染物问题,但是相对于阳性对照和样品来讲,这些污染物微不足道.
dsrB基因的结果是合理的.我们看到T1的dsrB基因丰度最大,紧接着是T2等.这非常适合将城市径流水冲干净.含有这种基因的微生物能够降解受污染水中的硫化源.减少细菌的亚硫酸盐所需的环境非常复杂.这种环境可能是浸水也可能是水流波动.他们还能和其他细菌（例如,产甲烷菌）互养,这样产甲烷菌可以利用这些非完全氧化碳源或氢产生甲烷.很明显,mcrA基因能和dsrB基因结合主要是为了互养.含有mcrA基因的细菌或古生菌需要持续的浸水状态,这就意味着完全缺氧环境.根据每个区划的水深,我所获得的结果是可以理解的.SM1和E2非常接近深水沼泽DM1.因此,他们也需要大量mcrA基因.
NirS和nirK微生物更喜欢波动的浸水环境,例如SM1和SM2.
尽管NirS基因和nirK基因的作用几乎是一样的,但是NirS基因的丰度低于nirK基因的丰度.SEEP中种类各异的脱氮物种可以解释这种情况.一些物种的nirK基因可能比NirS基因多.
amoA基因的结果似乎比较复杂,但是我从另一篇论文中了解到了amoA基因的正确序列和尺寸（10）.由于不同区划拥有不同类别的化学无机营养氨氧化菌,我因此得出我的结果是有意义的.这也是这些波段的主要原因.非常有趣的是,我们发现即使在深沼泽处也有大量amoA基因.下面就是对此的解释.在深沼泽处,有一种植物拥有通气组织.这种植物组织能够将外部的氧传送到根部周围,这样一些蓄养细菌就可以在这个地方生长.因此,DM1的amoA基因浓度高也就可以理解了.其作用和拥有高浓度的C2相同.
这些基因可以组成一个很长的湿地生物链.在深土壤地带,薄壁组织可以传送氧,并将氧提供给氨氧化菌.氨氧化菌会将氨盐基转化成硝酸盐并将其释放到周围的土壤中.大多数地点都是厌氧的,并远离植物根部.这些脱氧菌会通过将硝酸盐转化成亚硝酸盐（NO3andNO2）而获得养分.他们还能和产甲烷菌结合.这些细菌在获取养分时,他们还能去除水中氮物质.
我的SM1-1土壤样品仍然没有获得基因聚合酶链式反应扩增的结果.这也是有可能的,因为该样品中一些抑
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